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不同微生物菌及代謝產物是影響生物有機肥肥效的重要因素，通過直接和簡介作用影響有機肥肥效。生物有及有機肥中有機物質種類和C/N值也是影響其肥效的重要因素，如粗脂肪、粗蛋白含量高則土壤有益微生物增加，病原菌減少，含C量高則有助于土壤真菌增多，含N量高則有助于土壤細菌增多，C/N值協調則放線菌增多，有機物中含硫的氨基酸含量高則明顯抑制病原菌，幾丁質類動物廢渣含量高將增加土壤木霉、青霉等有益微生物，簡介提高生物有機肥肥效。不同生物有機肥組成不同，其養分含量和有效性亦不同，含動物性廢渣、禽糞、餅泊高的生物有機肥肥效高于含畜糞、秸稈高的生物有機肥。

      增加有機肥與生物有機肥使用量，合理減少化肥用量，加快農業有機廢棄物無害化、資源化利用已成為21世界農業生產的主流和風向。今后應進一步加強選育高效微生物菌種高的研究，科學配方有機肥原料，不斷完善處理工藝、生產工藝及施肥技術，提高生物有機肥肥效，以促進無公害農產品和有機農業的發展。