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農業化肥稅收優惠政策主要包括以下方面：

一、增值稅減免政策

有機肥免征增值稅

對納稅人生產銷售和批發、零售的有機肥料、有機-無機復混肥料和生物有機肥免征增值稅。

對農作物秸稈、林業三剩物綜合利用產品實行一定比例的增值稅退稅政策，鼓勵資源循環利用。

化肥原料復混肥免稅

用免稅化肥成本占比超70%的復混肥(含復合肥、混配肥)免征增值稅。

尿素增值稅先征后退

2001-2002年尿素生產銷售實行增值稅先征后退政策(2001年全額退還，2002年退還50%)，2003年起停止退稅。

二、企業所得稅優惠政策

小微企業減半征收

年應納稅所得額上限100萬元以內的小型有機肥企業，可享受企業所得稅減半征收優惠。

虧損結轉年限延長

高新技術企業和科技型中小有機肥企業虧損結轉年限由5年延長至10年。

三、其他稅收優惠

設備器具稅前扣除

新購入500萬元以下設備器具支出，允許一次性稅前扣除。

研發費用加計扣除

取消企業委托境外研發費用不得加計扣除限制，鼓勵加大研發投入。

職工教育經費扣除

一般企業職工教育經費稅前扣除限額從2.5%提高至8%，與高新技術企業標準統一。

印花稅減免

農民、家庭農場等購買農資或銷售農產品的買賣合同，免征印花稅。

耕地占用稅優惠

占用園地、林地等農用地建設農業生產設施的，免征耕地占用稅;臨時占用耕地復墾可退稅。

四、政策適用條件

有機肥企業需具備獨立法人資格、合法經營，產品符合國家或部頒標準，持有正規肥料登記證且質檢合格。

復混肥企業需確保免稅化肥成本占比超70%。

尿素企業需符合特定年份政策要求。