堆肥為處理各種廢棄物使之無害化和資源化的一種有效途徑，利用堆肥去除畜禽糞便中有害污染物也能起到一定作用。堆肥可以明顯的降低糞便中抗生素濃度。
據了解，目前的堆肥工藝如果控制得好，一般可以降解畜禽糞便抗生素殘留的70%-80%，除堆肥以外，還可以通過厭氧沼氣發酵的方式降解畜禽糞便有機肥中抗生素殘留的30%-40%。通過在堆肥過程中添加抑制劑或者嗜熱菌劑等途徑改善堆肥條件便可以盡可能防止抗生素抗性基因進入土壤環境，降低抗生素抗性基因這種新型環境污染物的污染水平。
在實際堆肥生產中，一般會選擇添加調理劑來調節堆肥效果，比如鋸末、稻草、秸稈等即具有高的含碳量，在好氧堆肥特別是雞糞堆肥中應用最為廣泛。另外，通過加入嗜熱菌劑等微生物菌劑也可顯著提高堆體溫度，延長高溫持續的時間。
在堆肥過程中，四環素類抗生素可實現快速降解，從而有效降低四環素類抗生素殘留帶來的環境風險。有研究表明，經過豬糞+麥秸、雞糞+麥秸兩種方式分別高溫堆肥后，畜禽糞便中四環素類抗生素（四環素、土霉素、金霉素）降解率分別為75.6%-85.97%和66.56%-82.44%。而對于抗生素的降解機理，抗生素在堆肥過程中濃度降低，并非完全是微生物降解的結果，有機物吸附、堆肥溫度及抗生素自降解等非生物因素均存在影響。
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