畜牧業生產中的惡臭主要來自糞便、飼料發酵和家畜呼吸等，臭氣的主要化合物有二氧化碳、氨、硫化氫、甲烷、吲哚、糞臭素(甲基吲哚)以及脂肪族的醛類、硫醇、胺類等。臭氣中的氨氣、硫化氫和甲烷等，濃度低時可降低畜禽的生產性能，濃度高時可使幼畜中毒死亡，使養殖工作人員健康受損，易患呼吸道疾病。如果糞便排出后不能及時處理會使臭味增加，危害人畜的健康。
畜禽糞尿是畜產廢棄物中數量最多、危害最嚴重的污染源。畜禽每天排出的糞尿量相當于體重的5%-8%。據測定：一個10萬只雞場，年產雞糞可達3600t，雞糞中BOD5總量為人糞尿的0.7倍；一個5000頭的豬場每天排出的糞尿約10t，一頭豬的排泄量相當于2個人的排泄量，豬糞尿中BOD5總量為人糞尿的13倍。畜禽糞尿不僅數量大，其所含的污染物數量和種類也非常多，主要包括：糞尿本身及其分解物所含的惡臭成分，糞尿厭氧條件下分解產生的大量硫化氫、氨、醇類、酚類、酰胺類、胺類和吲哚等有機物，大量的病原菌和微生物以及重金屬和獸藥等。這些物質可通過大氣、水體和土壤污染環境，產生惡臭，刺激人畜呼吸道，引起呼吸道疾病及導致畜禽生產力下降；招引蚊蠅，孳生和傳播疾病；污染飲用水、土壤和農作物，傳播人畜共患病及畜禽傳染病。
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