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用秸稈糞污生產有機肥可享受多項稅收減免政策，具體包括增值稅免稅、企業所得稅優惠、設備器具扣除等。

一、增值稅減免政策

有機肥產品免征增值稅：根據財政部、國家稅務總局的相關通知，自2008年6月1日起，納稅人生產銷售和批發、零售有機肥料、有機-無機復混肥料和生物有機肥免征增值稅。這一政策有助于降低有機肥企業的銷售成本，提高其市場競爭力。

秸稈綜合利用產品增值稅退稅：對農作物秸稈、林業三剩物綜合利用產品，實行一定比例的增值稅退稅政策。這一措施鼓勵企業利用農業廢棄物生產有機肥，促進資源的循環利用。

二、企業所得稅優惠

減半征收企業所得稅：享受減半征收企業所得稅優惠政策的小微企業年應納稅所得額上限已經從50萬元提高至100萬元。這意味著更多的小型有機肥企業可以享受到稅收優惠，減輕其稅收負擔。

虧損結轉年限延長：將高新技術企業和科技型中小企業虧損結轉年限由5年延長到10年，為有機肥企業的長期發展提供稅收支持。

三、設備器具扣除政策

對企業新購入500萬元以下設備、器具的支出，允許在當年一次性稅前扣除。這一政策有助于鼓勵有機肥企業加大設備投資，提高生產效率。

四、申請稅收減免的流程

有機肥企業申請稅收減免一般需要遵循以下流程：

準備相關申請材料：如企業法人營業執照、肥料產品登記證、質檢部門出具的產品合格證明等。

向當地稅務部門提交申請材料，并填寫稅收減免申請表。

稅務部門對申請材料進行審核，如審核通過，則頒發稅收減免證書。

企業在享受稅收減免政策期間，需要按照稅務部門的要求進行定期申報和繳納稅款。

五、秸稈糞污生產有機肥的特定政策

在秸稈糞污生產有機肥的過程中，由于秸稈和糞污均屬于農業廢棄物，因此其綜合利用產品(如有機肥)可以享受上述稅收減免政策。此外，針對秸稈糞污的綜合利用，政府還可能出臺其他支持政策，如補貼、貸款優惠等，以鼓勵企業積極參與秸稈糞污的資源化利用。