雞糞中的抗生素在腐熟后通常仍會有殘留，但殘留量會顯著降低，其殘留情況受多種因素影響：
抗生素種類與初始濃度：不同抗生素的降解能力差異顯著。例如，四環素類抗生素在雞糞中的初始濃度較高，堆肥后仍有部分殘留，而某些抗生素在特定條件下可能降解至檢測限以下。殘留量與雞糞中抗生素的初始濃度直接相關，高濃度抗生素更易形成殘留。
堆肥工藝條件：堆肥過程中的溫度、濕度、pH值及微生物活性是影響抗生素降解的關鍵因素。持續高溫(50-65℃)能加速抗生素分解，但若溫度波動或維持時間不足，降解效率會顯著降低。此外，翻堆頻率、通風量等操作參數也會通過影響微生物代謝活性間接作用于抗生素降解。
降解劑添加效果：在堆肥中添加高錳酸鉀、糠醛渣等降解劑可提升抗生素去除率。例如，高錳酸鉀通過氧化作用促進抗生素分解，糠醛渣則通過調節pH值優化微生物降解環境。復合使用多種降解劑可能產生協同效應，但需注意過量添加可能抑制微生物活性，反而降低降解效率。
腐熟程度判定標準：腐熟度與抗生素殘留無必然關聯。即使雞糞達到無害化標準(如大腸桿菌、寄生蟲卵等指標達標)，抗生素殘留仍可能存在。現有腐熟判定體系主要針對病原微生物，缺乏對抗生素殘留的強制性檢測要求，導致腐熟雞糞中抗生素殘留風險未被充分評估。
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