堆肥后的牛糞實現了無害化和穩定化處理，達到了作為有機肥資源化利用的基本條件，但還沒有達到進入市場商品化銷售的程度，其應用效果和使用范圍尚有一定的局限，因此有必要將堆肥物料通過后續的制肥工藝進一步加工成為具有商品性質的粉狀或顆粒狀的有機肥和有機無機復混肥等產品。
國內外在有機肥生產和應用方式上有較大不同。國外通常的做法是利用專用撒肥車將堆肥直接撒施到種植地塊，原因是農場自身附屬有堆肥場所和大面積的種植地，可以實現種養物料的小范圍的自我循環。我國國情則不一樣，絕大部分的堆肥加工廠是獨立運營的，沒有自身的種植地塊，有的還獨立于奶牛場，往往產品銷售半徑幾十到幾百千米不等，有的更遠，這就要求有機肥產品必須具有耐儲存、易運輸的特點，達到市場商品流通儲運的要求。
由于堆肥產品總體養分偏低，只能作一部分底肥使用，與現有的農藝種植習慣和作物需肥特性存在差異。所以有必要在有機肥胡總加入一部分磷鉀化肥制成有機無機復混肥。有機無機復混肥具有雙重特性，即具有有機肥肥效長、改良土壤、活化土壤中有機養分的特點，又具有無機肥養分高、肥效快的特點，優勢互補，彌補了各自缺陷，達到肥料速效與長效合一。
牛糞有機肥產品可以支撐顆粒狀，也可以制成粉狀，這取決于市場需求，為了均衡養分，適合運輸和儲存，建議將有機肥加工成顆粒狀產品，顆粒形狀有圓柱狀，圓球狀。成品顆粒含水率要求為：有機肥≤20%；有機無機復混肥≤10%。
牛糞有機肥加工工藝主要包括粉碎、配料、混合、制粒、烘干、冷卻、篩分和打包等環節。單條生產線設備生產能力以1～10t/h為宜，過小則達不到經濟規模，過大則增加原料和成品運儲難度。通常情形下，可采用的工藝流程如圖所示：
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