合理施用有機肥，可以提高土壤有機質含量，改善土壤結構，解決土壤肥力下降等問題。農業部認真落實“藏糧于地、藏糧于技”戰略，在中央財政支持下，采取有效措施，鼓勵和引導農民增施有機肥，保護和提升耕地質量。
一是實施耕地保護與質量提升項目。2008年起，中央財政每年安排專項資金實施耕地保護與質量提升項目。截至2016年，累計投入55億元，支持農民采用增施有機肥、種植綠肥、地力培肥土壤改良等綜合配套技術，提高耕地土壤有機質含量。
二是開展化肥使用量零增長行動。2015年，農業部印發了《到2020年化肥使用量零增長行動方案》，積極探索有機養分資源利用的有效模式，鼓勵和引導農民積造農家肥，施用商品有機肥；推廣秸稈粉碎還田、快速腐熟還田、過腹還田等技術；在有條件的地區，引導農民施用根瘤菌劑，促進花生、大豆和苜蓿等豆科作物固氮肥田。
三是啟動東北黑土地保護利用試點。2015年起，中央財政每年安排5億元資金，在東北四省區的17個縣（市）開展黑土地保護利用試點。重點支持增施有機肥、秸稈還田、地力培肥等技術，推進用地與養地結合、種植與養殖結合、工程與農藝結合，保護和提升黑土耕地質量。
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